Los primeros pasos de lo que luego se constituiría en la Fundación María Cecilia de ayuda al niño oncológico fueron dados en el año 1991 por un grupo de papás y mamás de niños con enfermedades oncológicas, algunos recuperados, otros fallecidos, y otros en ese momento en tratamiento.

La Fundación debe su nombre a María Cecilia Trotta, una niña que padeció Leucemia Linfoblástica Aguda (LLA), y que luego de recaer en médula tuvo indicación de trasplante de médula ósea. Se encontró dador en Israel, entonces sus padres, María Ester Rodríguez y Osvaldo Trotta, con apoyo de la comunidad de Beccar (San Isidro, Pcia. de Buenos Aires) iniciaron la recolección de fondos para poder solventar el viaje. María Cecilia, en el transcurso de ese tiempo, presentó una nueva recaída, no logró vencer la enfermedad y falleció el 10 de abril de 1991.

Comenzaron a reunirse entonces en la Iglesia Nuestra Señora de Lourdes, comunidad a la cual pertenecían y pertenecen sus padres, ese grupo de papás y mamás que habían vivido la experiencia de tener un hijo con enfermedad oncológica para decidir cuál sería el destino del dinero recaudado :  la creación de una Institución que en forma permanente se dedicara a niños afectados por esta enfermedad.
Se decidió entonces la figura jurídica de Fundación, y así nació la Fundación María Cecilia de Ayuda al Niño Oncológico, con la conciencia de cuántas cosas podrían lograrse y mejorarse si se canalizan esfuerzos y se actúa coordinadamente entre las familias afectadas, más todos aquellos voluntarios que espontáneamente se acercan a colaborar demostrando la gran sensibilidad de nuestro pueblo, conjuntamente con las autoridades gubernamentales.

Después de transitar 4 años brindando este apoyo a muchos niños, a partir de abril de 1995, la Fundación concreta un acuerdo con el Hospital Materno Infantil de San Isidro (hoy Hospital Dr. C. A. Gianantonio) para iniciar el área de Hemato-oncología pediátrica dentro del mismo hospital, gracias al trabajo conjunto del ente Estatal Municipalidad de San Isidro y la Fundación.

La Fundación María Cecilia es la primera fundación intrahospitalaria pediátrica en la Provincia de Buenos Aires.